La importancia de la agricultura llevó a los indígenas a buscar fertilizantes para sus cultivos. La información que poseemos sobre abonos procede de la costa y manifiesta el aprovechamiento de recursos naturales renovables.

Los principales abonos empleados son nombrados por los cronistas y fueron usados sobre todo para la producción de maíz lo cual confirmaría la sugerencia de Murra acerca de la prioridad de este cultivo.

Un primer abono consistía en enterrar junto con los granos, pequeños peces como sardinas o anchovetas. Una representación de este sistema estaba pintada en los muros de uno de los santuarios de Pachacamac donde figuraba una planta de maíz germinando de unos pececitos. El segundo abono usado era el estiércol de las aves marinas que por millares anidan en las islas del litoral. El recurso llamado guano se formaba por las deyecciones de las aves y los costeños tenían por costumbre extraer el guano de las islas. El tercer recurso renovable provenía del mantillo de hojas caídas de los algarrobos y guarangos utilizadas para mejorar los suelos.