Luego, Huascar declaró desear enterrar a todas las momias reales y quitarles a las panacas sus tierras, riquezas, servidores y mujeres. Al mismo tiempo dijo pretender pasarse del bando de Hanan al de Bajo Cusco. Estos hechos muestran hasta que extremos llegaron las diferencias entre el soberano y la nobleza cusqueña que había sido su mayor apoyo.

Muy distinta era la situación de Atahualpa, la distancia le permitía no tomar parte directa en las riñas entre linajes y tenía el apoyo de los generales de su padre.

El desprestigio de Huascar permitió a los miembros de las panacas de Hatun Ayllu, a la cual pertenecía Atahualpa, mantener las intrigas por el poder.

La guerra

Poco a poco, los generales de Huascar se fueron plegando a la causa de Atahualpa. Esta circunstancia explica las constantes derrotas de los ejércitos de Huascar a pesar de contar con grandes efectivos. Así, los generales de Atahualpa fueron ganando terreno hasta que a Huascar no le quedó más remedio, como a los antiguos soberanos, que tomar él mismo el mando de sus tropas.

Por su parte, Atahualpa marchaba lentamente hacia el sur dejando a sus generales el manejo de la guerra. Así estando en Huamachuco envió a dos emisarios a consultar a la famosa huaca Catequil por el desenlace de la guerra. El oráculo respondió que Atahualpa tendría mal fin. Furioso, Atahualpa marchó al lugar donde se hallaba el oráculo con su alabarda de oro en la mano. A su encuentro salió un viejo sacerdote vestido con una larga túnica blanca tachonada de conchas de la mar. Sabiendo que era él quien le había vaticinado tal destino, Atahualpa le asestó un rudo golpe en la cabeza que le destrozó el cráneo.

Por entonces llegaron las nuevas de la aparición de extraña gente blanca y barbada llegada en casas de madera que flotaban sobre el mar. No se preocupó Atahualpa por aquella gente que llegaba por segunda vez a sus dominios. En la primera ocasión se fueron sin que pudiese haberlos visto y, por curiosidad de ver cómo eran aquellos extranjeros, no tomó Atahualpa las precauciones que sus generales recomendaban de atacarlos en algún desfiladero. El Inca hizo caso omiso y más bien ofreció a los extranjeros guías y alimentos con la orden de dirigirse a Cajamarca donde él estaría.

Mientras tanto, los generales de Atahualpa seguían derrotando a las tropas de Huascar hasta que imprudentemente el Inca se arriesgó en una estrecha quebrada sin conocer las posiciones enemigas. Los experimentados generales de Huayna Cápac se dieron cuenta de la imprudencia y encerraron a Huascar entre dos ejércitos. Las triunfantes tropas de Atahualpa avanzaron hacia el Cusco hasta el cerro de Yavira. Ahí llegaron las panacas y los linajes importantes y todos se acomodaron; por un lado los Hanan Cusco y por el otro los Hurin Cusco y se postraron ante el huauque, el doble o hermano del nuevo soberano, para rendirle homenaje y reconocerlo como Inca.

Pasado un tiempo llegó al Cusco un pariente del nuevo Inca llamado Cusi Yupanqui con órdenes, según el consenso de los cronistas, de matar a los deudos cercanos de Huascar, a sus mujeres e hijos y para mayor ensañamiento, quemar la momia de Túpac Yupanqui. Destruir la momia o cuerpo de un antepasado era el mayor castigo posible. La venganza contra el Cápac Ayllu, al cual pertenecía Huascar, muestra que el enfrentamiento entre dos hermanos era una lucha entre panacas rivales.