Durante su estadía en Cajamarca, Huayna Cápac se dirigió a Chachapoyas donde los jefes se habían rebelado y refugiado en una fortaleza. Después de ser vencidos, numerosos chachapoyas fueron enviados al Cusco en calidad de mitimaes donde aún se encontraban durante el virreinato.

Luego, el Inca continuó su ruta hasta llegar a Surampalli, en tierra cañar, donde se "holgó en extremo" por ser su tierra natal y le cambió el nombre por el de Tumibamba que correspondía al de su panaca o ayllu real.

Expedición a Raura

Huayna Cápac pasó largos años en el norte de sus estados y es posible que habiendo nacido en Tumibamba prefiriese residir ahí a permanecer en el Cusco. Además, numerosas fueron las guerras contra los diversos grupos étnicos de la región que había que dominar.

En uno de esos encuentros contra los carangue y cayambis, los naturales se refugiaron en una fortaleza y en el fragor del encuentro los orejones dejaron caer a Huayna Cápac de sus andas y hubiera sucumbido de no haber sido por dos señores que lo socorrieron. En señal de protesta, el Inca hizo su entrada a Tumibamba a pie.

Tiempo después de estos sucesos llegó la noticia de la llegada de nuevos refuerzos desde el Cusco. A la cabeza del ejército estaba el general Mihi que por su alto rango portaba la estatua Huanacauri. Huayna Cápac, olvidando la tradición de la reciprocidad, ordenó al general entrar de inmediato a la lucha. Indignado y profundamente herido, Mihi decidió regresar al Cusco. Avisado Huayna Cápac de la conducta del general mandó le enviasen grandes regalos como correspondía a la costumbre ancestral. Satisfecho, Mihi retornó con sus ejércitos, marchó a la guerra y salió victorioso.

Este episodio ilustra la diferencia entre la mentalidad andina y la europea. En Europa, la actitud de Mihi sería considerada una traición pero en los Andes, el Inca estaba en falta por haber obviado la reciprocidad.

Después de varios años llegó del Cusco la noticia del fallecimiento de muchos parientes del Inca y con esta nueva se dirigió Huayna Cápac a Quito para preparar su retorno a la capital. Sin embargo, cayó gravemente enfermo y se cubrió de pústulas. Sintiéndose morir llamó a los sacerdotes para designar a su heredero Ninan Cuyuchi. Pero cuando los dignatarios acudieron al príncipe encontraron que había muerto. Mientras tanto, el sacerdote del sol llamado Cusi Topa Yupanqui realizaba la ceremonia de la calpa para averiguar la suerte de los designados a través del sacrificio de una llama blanca.

Tanto para Ninan Cuyuchi como para Huascar, el otro pretendiente al poder, los augures fueron desfavorables. Ante la incertidumbre de la situación, la coya Mama Raura, aconsejada por el sumo sacerdote, partió al cusco a forzar el nombramiento de su hijo Huascar. Los señores decidieron guardar en secreto la muerte del Inca para evitar posibles rebeliones y después de momificar su cuerpo lo llevaron como si estuviese vivo.

Mientras tanto, la corte avanzaba lentamente hacia el sur y Atahualpa, que se había quedado en Tumibamba, trató de pasar desapercibido junto con parte de los generales que custodiaban el país de posibles disturbios de los naturales.